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PH的變化會引起各種酶活力的改變，影響菌對基質的利用速度和細胞的結構，以致影響菌體的生產和產物的合成.產黃青霉素細菌的細胞壁隨PH增大而減少，其菌絲的直徑在PH6.0時為2~3um，而PH7.4時，菌體直徑為2~18um，呈大量膨脹酵母狀細胞，隨PH下降菌絲形態將會恢復正常。PH值還會影響菌體細胞膜電荷狀況，引起膜的滲透性變化，從而影響菌對營養吸收和代謝產物形成等。
因此在了解發酵過程中各階段合理PH以后，需要進一步設法控制PH在合適的范圍內。首先要在基礎培養基配方考慮到維持PH的需要，然后通過中間補料來控制PH。如在青霉素發酵中，根據產菌代謝需要改變加糖速率來控制PH。
另外，也可通過中間補加氨水，尿素或硫酸銨，碳酸鈣來調節PH。如在某種抗生素發酵過程中，當發酵液中氨基氮較低時可通入氨水。
但如此PH過高，超過適合范圍，則可以用硫酸銨代替氨水降低PH，并補充氮源的不足。目前國內使用一些電極和控制器來監控和調節PH，這樣使得調控更加方便。
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